1998年10月，蔡爱珠被查出患有淋巴结核病，医院专家根据她的早期病情采取了最佳的治疗方案，每天服以中西药，并合理膳食，注意休息。由于精心治疗，方法得当，病情转而稳定，并有所好转。
1999年5月，渴望尽快康复的她经别人介绍练上了法轮功，并一度达到了痴迷的程度。她对法轮功宣扬的“练功就能治病，修炼不许吃药”的“消业”邪说深信不疑，害怕打针吃药把“业力”压回去，不能真正的消除，反而病情恶化，或者添加新病。所以在李洪志的蛊惑下，蔡爱珠停止了治疗，坚持不就医，不吃药，还寄希望于通过修炼法轮功来消去“病业”。
蔡爱珠因为痴迷法轮功致使病情延误，逐渐加重，患病中后期，出现盗汗、疲倦、厌食、消瘦等全身症状。2001年1月10日她像往常一样继续在家练功时，病情出现恶化，全身哆嗦并伴有吐血，当场晕倒在地。当家人发现送到医院后，蔡爱珠已经停止了呼吸，经诊断为淋巴结核感染并发肺结核，因贻误治病时机最终过早地离开了人世，时年38岁。