邪教问题是世界性问题，但本文所探讨的危害性，受水平和掌握情况的限制，只立足于中国本土、中国历史和当前形势下来探讨邪教的危害性。
一、冲击社会主流意识形态。邪教问题首先是意识形态问题，因为有邪的思想，才有邪的行为和对社会的危害。邪教都有自己的思想体系、理论体系，也就是所谓的教义、教旨，这些教义、教旨最大的特征在本质上都是唯心的、反科学的；在对待人自身态度上反人类，不珍惜人的生命；在对待“神”的态度上搞教主崇拜，反社会、反政府。与主流意识形态背道而驰，此消彼长。法轮功、全能神等邪教的教义不仅与我们主流意识形态格格不入，完全对立。为了自身生存的需要，为了赢得反华势力的支持，在西方敌对势力撮合下，法轮功、全能神等邪教将推翻共产党执政写入教义，这种教义实质上已经是赤裸裸的政治纲领，完全走向反动，其组织实际上成为西方敌对势力对中国搞和平演变的别动队。他们还编造和宣扬“世界末日论”、“人类灾难论”，制造恐慌心理、恐怖气氛，增加人们心灵慰藉的需求，增加信邪的基础。通过宣传这些反科学的、荒诞的东西，扮演成救世主角色，消灾避难，拉人入伙，教人们去信他们那一套，行动上沿着他们所指引的方向走，以求生、避灾、上层次。这种歪曲的理论体系，决定着邪教每个个体世界观、价值观、人生观极端自我、自私。例如，法轮功修炼者抛妻弃子的做法，就是为了自己上一个层次，追求他们的价值和所谓的圆满，追求所谓的个人幸福。全能神人员将国家给的低保、社保的大部奉献给组织，以求自己上层次。
二、反对现秩序的潜质。应当说邪教组织的核心层、上层是非常清醒地与我们现政权为敌的。前面说过法轮功、全能神的教义实质上是政治纲领，他们的行为是围绕政治纲领进行的。邪教之徒除了邪教的诱导、洗脑和个体因素诸如不勤劳、文化偏低、因病、因灾等等之外，常常都是在现秩序下的个体利益，包括物质、事业、精神、成就等方面受到损害者，另辟蹊径，逐利或追求人生的成功、价值或精神寄托，自觉、不自觉地体现对现秩序的反对、反抗。我们常常注意到，参加邪教组织的是社会弱势群体，他们在社会基层可能承受了一些的重负，在一起思想上容易引起共鸣，心灵上受到更多慰藉，邪教组织活动尤有沙龙休闲之效。而这些貌似平常、正常的活动在邪教教义指引下、在邪教组织的牵引下，极易走上对抗现秩序、反抗现秩序之途。因为他们有反对现秩序的潜质，在一定环境下就会演变为现实危害。
三、不同于一般刑事犯罪。一般刑事犯罪个体作案的频率高，然后依次是团伙、集团、黑社会性质团伙、黑社会；而邪教活动，其组织性是第一位的，即使像法轮功的一些反宣活动等，尽管是个体出现，也是法轮功邪教组织的指使，或符合组织总体要求，或是组织安排或诱导下个体的自觉作为。在动机上，一般刑事犯罪都是直接的、具体的追求或侵害目标的；而邪教人员是被洗脑的教义所支配，例如山东招远“5.28”案件，将受害者称之为“邪灵”，尽管主观上有剥夺他人生命权的故意，但其第一理念仍是全能神的教义所支配，以他们的歪曲标准来衡量，非同类即为邪。有趣的是在监狱服刑的法轮功、全能神罪犯相互指责对方为邪教。从犯罪所侵害的对象来看，一般刑事犯罪都是有直接危害性，有现实危害后果的，例如杀人犯罪非法剥夺他人生命，侵害他人的生命权；但邪教犯罪，在破坏法律实施方面，具体完成了违法行为，既有现实的危害后果，也有潜在的社会危害，比如，像法轮功、全能神从其总教义或政纲来看，以推翻共产党执政为目标，在现秩序下即是未遂犯罪。
四、潜在的破坏力巨大。从查破的邪教案件来看，这些成员农民多、妇女多，大多知识层次不高。但要看到，他们是被洗脑的，常常声称有信仰，这种人信了邪、着了魔，个体可能弱小，但为了其教义、教旨可能会赴汤蹈火，舍生取义。例如，2001年法轮功人员在天安门广场自焚。如果个体连生命都不顾惜来攻击危害社会，其破坏力之大可想而知。例如当今世界上极端组织的人体炸弹，历史上太平天国的“拜上帝会”，用教义武装了的太平天国士兵，在太平天国京城天京失陷时没有一人投降清政府。邪教是个组织，作为组织会产生1+1>2的力量效果，目前法轮功、全能神这种全国性组织建制，若组织体系没有被摧毁，一旦有统一指令，危害不可想象。邪教组织一旦下达指令，能搞全国统一行动。例如2012年年底，全能神在全国搞的“大帮哄”，危害甚大。防范处理邪教系统就是要打击或处理其零星的或局部的破坏法律实施的犯罪行为，扑灭星星之火，并预防治理，防止其组织坐大成势，危害现秩序，甚至威胁政权。但是若社会治理责任者层层都忽视，长久地忽视，那么邪教发展就会从量变到质变，坐大成势，威胁政权，想来治理时，可能已经治不了了，无力回天了，严重后果会导致现实的治理者与邪教组织易位，他们执政后他们的邪教就可能被那时的政权奉为正教了。
总体看，全社会对邪教组织的社会危害性有一定的认识，但真正能够认识到斗争的长期性、复杂性和艰巨性还不是很多。归结起来是人们占有资讯的差异，认知水平不同，所处位置不同，工作角度不同，工作重心不同等等造成的。比较典型的是有少数片面认为一个地方只是全国的一个局部，那些时有发生的邪教破坏法律实施的案件，大不了可能只是给天捅了个窟窿，也尽在我们股掌之中，有专门机关来做足够对付了，邪教滋生的量和破坏力不足以影响大局，翻不了天。特不知，这种认识的短视和不清醒的！