公元1271年，在长期的游牧文化与农耕文化的冲突战争中，以北方蒙古族为主的元朝一举灭掉南宋，统一中国。这个北方游牧民族经过短时间的经营发展，入主华夏，使汉人、“南人”臣服。然而，这样一个强大的帝国，却在短短的97年灭亡。史上关于元朝的灭亡可谓众说纷纭，政治黑暗、政治压迫、民族岐视以及环境气候等说法都被认为与元朝的灭亡大有关系。但是不可否认，元朝的灭亡与当时盛极一时“白莲教”密不可分。正是因为“白莲教”不断的造反暴乱，牵制了元朝朝廷的大量精力，削弱元朝的军事实力，动摇了元朝的根基，最终由具有“白莲教”出身的安徽凤阳人朱元璋将这只曾经不可一世，横扫欧亚大陆的蒙古铁骑赶回了大漠深处。  

　　“白莲教”在南宋初年由吴郡昆山僧人茅子元（法名慈昭）创立，自南宋至近代，始终是中国民间宗教的第一大宗。元朝期间的“白莲教”，通过自身不断的发展演变，成为一种杂取式、继承式的教派，它的杂取几乎无限制，教义、教法等采用了当时社会上各种宗教包括民间宗教的内容，并且愈采用愈多，同时分化也愈多，形成了一个庞大的“白莲教”系统，它包含有：一般民间宗教、极端教派、邪教，它们形态各异，取向分歧，却都自命名为“白莲教”。至元朝末期，“白莲教”已经的发展到达一个前所未有的高峰，其中影响力较大的主要有“五斗米教”、“摩尼教”、“明教”、“佛教净土宗”、“佛教天台宗”、“大乘教”、“三阶教”等7个教派分支。  

　　元朝的统一中国依靠的是纯为武力，元朝的皇帝对中原本土尤其是汉族的文化，在蔑视之上更多的是畏惧。元朝政权早期政治家耶律楚材对汉族文化了解最深、最多，就曾经讲过：此方毗卢、糠、瓢、白莲、香会之徒，释民之邪也。元朝，全国各地举事、暴动、叛乱接二连三，“白莲教”、民间宗教和农民起义的活动很难区分清楚，“白莲教”利用民众的鬼神迷信谋作乱，也利用汉人的民族情绪，以“驱逐鞑虏”作号召。共同的目标会让他们走到一起，“白莲教”更会利用积蓄已久的农民暴动，成为它向朝廷公开斗争的突破口，而农民暴动本身又有民族矛盾和阶级矛盾两种动因，作为聚拢民众的手段，宗教、“白莲教”都可以利用，但从利用率和效果来看，“白莲教”最佳。所以在元代中期至元末，各种暴动头绪纷繁，互相包含、互相矛盾，又互相火并。一般认为，刘福通、徐寿辉是“白莲教”利用了农民暴动，郭子兴、朱元璋、陈士诚等是白莲教与农民暴动互相利用。  

　　元朝早期，由于元朝廷着力对宋残余势力作战，镇压各地反元斗争，加之对中原宗教、“白莲教”等了解不深，知之甚少，对“白莲教”采取了不管不问政策，不提倡，不限制，不批评，“白莲教”得以公开活动，建忏堂，烧香，聚会读经，先后发生了“白莲教”为号召举事的有江西杜万一、彰德赵当道、柳州高仙道等，公元1308年（元武宗至大元年），元政府发布诏书，宣布禁断“白莲教”。这是元朝第一次禁断“白莲教”。  

　　虽然元政府禁断“白莲教”，但只是名义上的被禁，实际的力度并不大，“白莲教”在民间的活动转入地下、半地下，“白莲教”不甘心这种尴尬地位，“白莲教”中一位重要人物蒋普度，向皇储爱育黎拔力八达献上“白莲教”奠基之作《庐山莲宗宝典》，鼓吹“白莲教”为儒家教训，民众信仰“白莲教”，可以改恶为善，国家不用动用法律刑狱，即可坐致天下太平。元仁宗爱育黎拔力八达即位后（公元1311年），立即颁布诏书，恢复了“白莲教”的“合法”地位。有了朝廷执政者的庇护，“白莲教”在元朝中期强劲复苏，元英宗至治二年（公元1322年），泰安州奉符、临邑二县民众以“白莲教”发动谋逆，事败，首领王驴儿被斩，徒众处以杖刑和流放，元英宗很快下诏禁断“白莲教”，这是元朝第二次禁断“白莲教”。  

　　元顺帝至正十一年（公元1351年），黄河决口、北方干旱等自然灾害频发，元政府又变更钞法，是百姓手中的钱币大量贬值，似乎很接近“白莲教”、“大乘教”、“摩尼教”所说的“末世”，元政府征调民工治理黄河，栾城人韩山童（祖父就教习“白莲教”）、颍州人刘福通利用这两件事在治河民众中制造骚乱，预先在河道中埋下一尊一只眼的石人像，之后散步谣言：“石人一只眼，挑动黄河天下反”，民工挖河道，挖出石人像，果然有一目，河工暗流涌动，由于事机不密，官兵捕杀了韩山童，刘福通就将暴乱地点改在颍州，迅速攻占了十余城池，人数增至十万余众，由于头裹红巾，所以被称为“红巾军”，并与元朝政府形成长达三年的对峙局面。迫于“白莲教”活动的不断蔓延扩大，元顺帝下诏禁断“白莲教”，这是元朝第三次禁断“白莲教”，但此时的禁断已不能生效，随着各地农民起义军与“白莲教”叛乱的结合、融合，其势已非虚弱的元政权所能遏制，公元1368年元顺帝被迫率群臣撤退至漠北，元亡。