《刑法修正案（九）》加大了对邪教犯罪的处罚力度，在中国乃至全世界反邪教史上树起了新的里程碑。邪教反人类，反社会，反政府，其祸害不亚于毒品、黑社会和杀人抢劫，对邪教应该给予强有力的处罚。
与以前的相关条例相比，《刑法修正案（九）》有以下特点：提高法定最高刑，将组织、利用邪教组织破坏国家法律实施罪法定最高刑由十五年有期徒刑提高到无期徒刑；增加了罚金、没收财产、剥夺政治权利等附加刑；增加了数罪并罚的规定，对利用邪教奸淫妇女、诈骗财物的，予以数罪并罚；增加了对组织、利用邪教等蒙骗他人致人重伤的处罚规定。同时，降低了对涉邪教犯罪的处罚下限。
总体上看，《刑法修正案（九）》对邪教犯罪的处罚力度大大增强，其间有着丰富的内涵。
——加大处罚力度是基于反邪教的需要。当今世界上，邪教异常猖獗，在中国同样如此，法轮功、全能神、门徒会等邪教或打着宗教的旗号，或打着气功的幌子，非法办班传教，神话教主，鼓吹歪理邪说，疯狂敛财，淫人妻女，害人夺命，拆散家庭，撕裂社会，攻击政府，制造了无数骇人听闻的惨剧，一些邪教头子无视法律，顶风而起，二次犯罪多次犯罪现象突出，有的“三进宫”仍不悔改，上述现象，足见邪教之猖獗，之顽固，这表明，对邪教犯罪的处罚力度必须加强，处罚的方式要更具有针对性，必须让邪教头子、骨干为自己的行为付出沉重的代价。
——降低处罚下限体现了法律的公正性。修正案（九）三十三条规定：情节较轻的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处或者单处罚金。与原相关条例相比，新条例明确了对情节较轻者的处罚，1997年刑法第三百条在处罚上没有将情节较轻者与情节严重者区分开，只有一个统一的规定：“处三年以上七年以下有期徒刑”。修正案（九）三十三条对情节较轻者的处罚变为“处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处或者单处罚金。”
从三年以上到三年以下，处罚下限明显降低，体现了法律对情节较轻者的从宽处理，体现了教育挽救从犯的良苦用心。同时，又解决了劳动教养制度废除后与刑法相关规定的衔接，避免在打击邪教问题上出现法律真空地带。较好解决了当前司法实践中出现的一些新情况、新问题，更好地适应了预防和惩治涉邪教犯罪的需要。
——加大处罚力度传递了政府的决心。邪教是国际公害，然而，并非所有的人都认识到邪教的危害，并非所有的国家都对其采取严厉的打击措施，某些国家为达到自身的政治目的，不惜庇护、纵容、支持邪教，以宗教、人权等为借口为邪教辩解，造成人们思想认识上的混乱，影响了对邪教的打击，加剧了邪教的危害。
在这种情况下，中国政府旗帜鲜明地修改原有相关条例，加大打击邪教的力度具有重要意义，一方面，表明了中国政府对社会高度负责绝不姑息邪教的态度，加大了对邪教的震慑力度；另一方面，也为全世界反邪教工作树起了一根标杆，为世界反邪教工作提供了重要参照，对推动全世界反邪教有着不可低估的作用，在反邪教史上具有里程碑意义。