蜜月期：“过渡政府”紧跟法轮功扩大自身影响，法轮功明捧暗防“过渡政府”
据“总统”伍凡声称：“法轮功与民运联手建立‘临时过渡政府’”。准确地说，“过渡政府”是民运出人，法轮功出场地，两者共同谋划搭建起的一个反共反华的草台班子。在“过渡政府”的成立筹备阶段，台湾法轮功组织负责人张清溪、法轮功看中国主编安琪、法轮功全球退党中心负责人李大勇等法轮功骨干纷纷粉墨登场为“过渡政府”的成立建言献策，“过渡政府”得以栖身的“据点”“未来中国论坛”（于2006年创建，发起人为安琪、李大勇）就是由法轮功提供的。然而，到了2008年1月1日“中国过渡政府”宣布成立公布成员名单时，民运分子却占据了的绝大多数席位，除保留了李大勇为“新闻发言人”外，“总统”伍凡、“副总统”贾甲、“议长”袁红冰、“副议长”唐柏桥皆为清一色的亲法轮功民运分子。“过渡政府”的人员组成说明，“过渡政府”是以民运势力为主导的组织。
“过渡政府”的成立得到了法轮功的大力支持，它在网络中获取的那点影响力也得益于法轮功媒体的大力吹捧。“过渡政府”一宣布成立，法轮功各大媒体即倾巢出动为其造势，一时间好评如雨、赞歌如潮。“大纪元”1月5日报道，“成立中国过渡政府！这是一个好消息”。“希望之声国际广播电台”1月6日报道，“元月4号全球退出中共服务中心主席高大维先生，向中国过渡政府的成立表示祝贺和支持”。“人民报”1月6日报道，“特诚邀海内外朋友们参与这项伟大的事业”。
投之以桃，报之以李。“过渡政府”也紧密依托法轮功，紧跟其反宣步调，大肆从事破坏中国安全稳定的宣传活动。李洪志说中国政府在对法轮功弟子进行“迫害”，“过渡政府”就声明什么要为法轮功受“迫害”者“讨说法”；李洪志成立了所谓的“追查国际”，“过渡政府”也内设了“追查迫害法轮功”组织。李洪志叫嚣要“解体中共”搞“劝三退”活动，“过渡政府”就在他们的“未来中国论坛”上设立“退党团队”专栏，也搞“三退”。在合作之初，表面上看，两者是一唱一和，狼狈为奸。实则是各自在打各自的小算盘，“过渡政府”在利用法轮功不断扩大自己的影响；而法轮功在利用“过渡政府”壮大反宣势头的同时，也不忘对其步步设防。
在法轮功媒体纷纷吹捧“过渡政府”的同时，唯独“明慧网”发出了不和谐音。2008年1月21日发表的《与重庆同修切磋在做真相中的一些问题》一文说：“当前，一些大法弟子在传‘过渡政府’已经成立了，中共很快会解体了，正法会很快结束了。其实是想当然的。‘过渡政府’是海外一些常人正义人士组建的，其目的是为国为民。”“如果我们作为大法弟子真要是大面积去传播‘过渡政府’，这就偏离了大法弟子讲真相的主线！”3月10日发表的《修者的正觉》中说：“有同修发帖发起做中国‘过渡政府’的项目，希望其他同修的支持和帮助。我们的珍贵的时间和精力，是为了救度众生让人明白真相，还是为了一个未来的‘过渡政府’呢？就算是有很有能力的大法弟子参与这个过渡政府中，把它搞的有声有色，那又能怎样呢？”
在“过渡政府”成立之初，“明慧网”刊登这样的文章，实质上是给‘过渡政府’定了性：“是海外一些常人正义人士组建的”――即民运操控的工具，并隐晦地传递了一个指令：弟子不宜过多地参与‘过渡政府’。”在明里支持、吹捧‘过渡政府’之余，法轮功私下搞这个小动作的用意无非是防止‘过渡政府’拉走自己的队伍。
磨擦期：“明慧网”、李洪志先后叫停“人权圣火”，“过渡政府”公然唱反调，伺机撇清与法轮功之间的瓜葛
2007年8月9日，法轮功在雅典用打火机点燃了“人权圣火”，并计划于2008年8月8日传进北京奥运会开幕式现场，以此抹黑中国政府。“人权圣火”传递过程中，“明慧网”不断发布指令，禁止弟子参与。2008年3月11日发表的《明白自己在做什么》一文说：“某些地区出现‘过渡政府’光盘和小册子，有的学员当真相资料发放，有的在大法学员中流传，说是为了讲真相救人”，“这种现象很危险”，必须禁止和纠正。3月31日明慧网发表《“人权圣火”是常人活动》称：“避免突出‘人权圣火’的活动，而应继续大量报道法轮功真相和迫害真相，把握好讲真相原则。”4月10日明慧网发表《从“人权圣火”由谁做想到的》一文表示：“希望大陆所有盲目参与‘人权圣火’传递的同修停下来，静心学法，不要因为此事造成人心波动，影响救度众生。”
2008年4月14日，李洪志专门发布“经文《说明》，明确叫停“人权圣火”，声称：“人权圣火有反迫害的内容，有叫人认识X党的作用，但代替不了讲真相救人；人权圣火是以常人为主的揭露、抵制X党迫害中国人而发起的，因此不要以大法弟子为传递对像。”可以看出，李洪志对大法弟子参与“人权圣火”的传递，把“三件事”抛到脑后是极为不满的。
然而，自称“成为大法弟子，正在世间修炼”的伍凡“总统”竟然与“师父”唱反调，公然“乱法”。不但不停止“人权圣火”传递活动，反而加大了对大法弟子的鼓动力度，致使大批弟子不听李洪志的话，继续跟着“过渡政府”起哄闹事。2008年6月6日，在“过渡政府”的网站上登载了一篇题为《中国过渡政府力挺人权圣火》的报道（http://chinainterimgov.org/cn/index.php?news=106），报道称：“中国过渡政府总统到场参加圣火传递，并对深受中共严重迫害的法轮功学员表示了深切关注。并现场发言。”
以上迹象表明，“过渡政府”的“高官”们自认羽翼丰满，已经在独立自主地行使“政府”权力了；伍凡假弟子的身份清晰可辨；“过渡政府”的民运面孔暴露无疑；法轮功与“过渡政府”就“人权圣火”传递活动出现了严重分歧。
更有甚者，那几个所谓“总统”、“议长”似乎完全忘却了法轮功扶持“过渡政府”成立的“恩德”，开始极力撇清与法轮功的瓜葛，谋求自身的政治出路。2008年5月26日“过渡政府”所谓第二次网上新闻发布会上，有人问：“前一段时间，《新华网》诬蔑伍凡先生为‘中华民族的败类’、皈依了法轮功，并且把王丹、魏京生、盛雪等人也罗列在内。对此伍凡先生有没有回应？”，在场的“总统”伍凡先生迅即更正说：“共产党说我皈依法轮功是毫无道理的。”另外，“副议长”唐柏桥还介绍说，法轮功只是他们应该联合的小小对象之一，仅将法轮功摆在极其次要的位置。
至此，“过渡政府”意图撇清法轮功甚至意图凌驾于法轮功之上的野心暴露无疑。
矛盾爆发期：李洪志叫停“网大”，公然与“过渡政府”决裂
李洪志的确低估了“过渡政府”对大法弟子的煽动力和影响力。“过渡政府”成立后，越来越多的弟子不再“普度众生”，而是都围着“过渡政府”的指挥棒在转悠了。下面这几个弟子的提问及交流文章充分说明，李洪志面临大量弟子被“过渡政府”拉走的严峻事实。
弟子：“大陆大法弟子参与‘过渡政府’的运作是否合适？（师：不合适。）目前参与‘过渡政府’的网民部的基本都是大陆大法弟子，而且还在拉大陆学员加入。”
弟子：“大陆学员也有很多人讲真相就是发《九评》、讲退党、讲社会问题，认为正面讲法轮功真相过时了。”（《在明慧网十周年法会上讲法》）
2009年8月6日明慧网发表的《别放纵别招鬼》一文中说：“有个未来中国大学论坛（简称‘网大’），初衷是面向社会，结果教学对像很大比例是一些法轮功学员，还公然把法轮功称为‘法轮心功’。据说该网站还领着网大中的修炼者、新入门的修炼者和不修炼的常人民运人士，象对待常人哲学、常人学问那样，对法轮功原著几乎是逐点逐篇的‘讨论’。另外，其所用的一些比喻，在卖弄口才文才的同时，也在起着祸乱作用。”
“未来中国大学论坛”就是“未来中国论坛”的一个分坛，直接受“过渡政府”掌控。2008年4月6日，“过渡政府”曾在“未来中国论坛”发过一个公告，声称：“‘过渡政府’正式授权未来中国大学（www.ufuturechina.org）培训过渡政府工作人员。”为了严格控制弟子的思想，令弟子俯首帖耳一心一意大搞反宣破坏，李洪志绞尽脑汁设置了诸般法轮禁忌，阻断弟子的信息源。严禁弟子看电影、电视、报纸，听广播，就连“大纪元”网站都被定性为“常人”媒体，不许弟子浏览。如今，“过渡政府”的几番煽动居然令那么多的弟子趋之若鹜，甚至弟子“讲真相”时，都改讲民运那一套东西了。卧榻之侧，岂容他人酣睡胸狭窄的李洪志当然不容弟子流失、“神权”旁落。
李洪志在《清理》中开始毫不留情地“清理”以往的联盟、现在的异已，公开叫停为“过渡政府”培训政府工作人员的“未来中国大学”：“一些学员办的网站，你们能在救度众生中起作用，就健康的办下去，否则就不要起干扰作用。特别是带动大量新学员、学法不深的与人心强的学员参与的，我建议你们全部停止。”他还着意点明“网大”教员“唐子”（大纪元专栏作者，民运分子）只是个“认同大法法理的常人”，喝令“糊涂者”不要“把其说的话当成了法一样对待”，并尖酸刻薄地挖苦蛊惑、拉拢大法弟子的“唐子”：“在更多人的吹捧下就会飘飘然，不知自己是谁了，从而什么人心都来了，什么都敢说、什么都敢做了，甚至干扰大法弟子的正常修炼与证实法。”
由“网大”的背景可知，拉走大法弟子的“乱法”行为不仅仅是“网大”教员“唐子”的个人行为，还是“过渡政府”的有组织行为。因而，法轮功不仅仅要“清理”掉一个“网大”、一个“唐子”，在《清理》刊发没两天，动态网上“未来中国论坛”的链接就被删除了。法轮功已经在行动上开始“清理”“过渡政府”了。
由上可知，法轮功支持“过渡政府”实则是养虎遗患，搬起石头砸了自己的脚。截至目前，法轮功和“过渡政府”的同盟已经土崩瓦解，两者之间随后的撕咬势必愈演愈烈。