第一、资金紧张、人手不足，网站运营难以为继
由于得到的支持逐渐减少，资金和人员成为近年来制约明慧网运营的主要因素。在这次法会的问答中，明慧网的弟子向自己的主子李洪志申诉了一箩筐的困难：一是人员流失严重，“因为十年全职做、没有收入和常人职业，渐渐都去找工作了。”“‘明慧焦点’电视栏目曾经在将真相中起到了很好的作用，但后来由于人员问题停了。”二是技术人员短缺，“由于目前翻译人手的限制，法文圆明网和法文明慧网共享翻译文章，所以两个网站的内容非常相似”；三是资金严重紧缺又不敢擅自行动，只好向“教主”请示“目前形势下向常人申请基金，是否可行？”
对于这些困难，李洪志的解决方式多少让弟子们有些失望，“怎么样解决这些问题，那还得靠你们去努力”，把球又踢回给了明慧网的弟子。但是师父可以提供一些“精神食粮”：“明慧网办好了，这就是你们做的一件最伟大的救人工作”，就这么一句空头支票把明慧网的弟子给打发了，看来师父的法力也是有限的。临到最后李洪志终于撑不住说了一句实话“其实那，国外这边人手很有限”，原来师父和明慧网弟子的难题是一样的。
第二、做网站的弟子毫无底气，自我怀疑严重
作为法轮功喉舌的明慧网在蒙蔽和蛊惑法轮功弟子的同时却无法说服自己，甚至对自己的工作产生了怀疑。有的明慧网弟子自陈“我们觉得每天很累，工作也不少做，但在救人效果方面却得不到明显改善，好像被什么东西挡住了”。另外一些弟子则认为“中文网站的文字水平一直提高不上去，造成常人（特别是知识分子）中的可读性不够好。”事实上，问题的关键不在于文字水平不高，如果天天说谎，就是大文豪也会怀疑自己的文字能力。这种怀疑演变到极点的时候，有的明慧网的弟子甚至对明慧网存在的必要性产生了怀疑：“我们觉得明慧网上关于海外的内容力度需要充实起来，想找回原来的同修，可不可以跟他们说明慧网海外工作对救渡众生还是很重要？如果他们不确认明慧的重要性的话，就比较难鼓励他们在明慧网海外报道方面下功夫”，连明慧网是不是还发挥着“重要的作用”都要战战兢兢地去请示师父，向别的“同修”求得对自己的肯定，这样的网站还谈何发展呢？
第三、法轮功媒体间内耗加剧，明慧网的前景堪忧
法轮功内部高层争夺的加剧和人员的分化，内耗直接削弱了明慧网的实力。这主要表现在：一是拉人，有弟子向李洪志控诉“明慧工作要求安全、低调，海外人员常常感到环境压力，有的感觉难以施展和协调。其他项目从明慧拉人时甚至直接说‘都什么时候了还做明慧……’”；二是搭便车，抢夺资源，有弟子提到“德语的圆明网因为人手缺乏，想和德文明慧做，分享资源”；更让明慧网不能容忍的是有的作者也开始要挟明慧网“有的大陆同修投稿说若明慧网不登就给大纪元”。对于这些问题，李洪志只能四面安抚，既不能伤了明慧网的心，又不能寒了其他媒体工具的心，事实上这种争夺根源在法轮功内部的争夺，这个问题解决不了，明慧网面临的冲击会越来越多。
第四、李洪志对明慧网并不完全满意，来自“教主”的支持已大打折扣
李洪志对明慧网并不十分满意。虽然在明慧网建立十周年之际，李洪志自然要给明慧网的弟子打气鼓劲，称赞明慧网“在大法弟子办的网站中，是一个关键的网站”，但是也没有忘记敲打敲打自己的弟子“明慧网的特殊性也使一些大法弟子比较封闭，所以和其他学员的交流也比较少一些，这就使他们更艰难”，看来明慧网的工作还没完全到位，使一些学员“更艰难”，李教主多少是有些不满的。李洪志对明慧网的信任也是有限的，当有弟子问“新唐人电视台制作的观众反馈节目，目前明慧也在转载。我们能不能稍微大量制作、作为推广神韵的材料之一”的时候，李洪志的回答很干脆“这个在新唐人电视台和其它媒体可以大做，明慧就不要大量做，明慧不要偏离角度”，明着是为了防止明慧网“偏离角度”，实际的目的恐怕是为了防止明慧网同其他宣传工具相互争利、一家坐大、难以控制吧。其实这种不信任更体现出了李洪志的一种隐忧，自从所谓的“唐奇”特务出现以后，李洪志就特别加大了对各个媒体工具的监控，并制造矛盾让他们相互牵制，不再完全信任任何一个媒体，防止这些媒体一旦反水会把自己出卖得山穷水尽，这也使得李洪志的明慧网的支持多少有些若即若离。
明慧网建立十周年，李洪志本来想借法会之机为明慧网的弟子鼓劲打气，却不想借他和弟子之口暴露了法轮功内部矛盾不断、明慧网困难重重，借用李洪志的说法，明慧网的确是一个窗口，但它不止散发出歪理邪说，也让人们通过这个窗口更加清楚的认识到法轮功的颓废和虚伪。