据吉尔吉斯斯坦通讯社“24小时新闻”网（eng.24.kg）2016年5月17日报道，吉尔吉斯斯坦国家宗教事务委员会副主席扎基尔·乔达耶夫（ZakirChotaev）在同记者见面时说，已有19个宗教组织被禁止在吉从事活动。
乔达耶夫称，这些组织已被法院认定属于破坏性组织或恐怖组织，“一个宗教组织是否合法是由法院认定的”。
根据报道，这19个被禁止从事活动的组织中，除了基地组织、塔利班运动等伊斯兰宗教背景的组织外，还包括东突厥斯坦伊斯兰运动、东突厥斯坦解放运动这样的“疆独”组织。统一教（Unification Church of Moon）、科学教（Church of Scientology，又名“山达基教”）也在被禁名单中。报道还说，据此次会议公布的消息，在吉尔吉斯斯坦，共有2601个在册伊斯兰宗教组织、380个基督教组织和12个其他宗教组织。
吉尔吉斯斯坦此前取消法轮功等邪教注册资格。
据凯风网了解，2013年，吉尔吉斯斯坦媒体《比什凯克晚报》网站报道说，吉尔吉斯国家宗教事务委员会主席査奈别克·波托耶夫当年3月5日在新闻发布会上宣布，目前有包括法轮功在内的15种外来邪教在吉尔吉斯境内活动，政府在核实有关情况后已经依法取消了法轮功的合法注册地位。
波托耶夫认为：“法轮功邪教在2006年以前的近四年时间里一直企图通过注册登记，并声称自己不是宗教组织。之后，他们通过某种不为人知的手段通过司法部获取国家注册和法人资格。我们的专家得知，这是来自中国的宗教组织。我们组织专家鉴定，得出了结论，并将其告上法庭，于2007年取消了其合法地位。”
此外，吉尔吉斯斯坦政府还取缔了统一教、扎伊舒里·玛赫基等邪教组织。根据国家宗教事务委员会的资料，邪教组织统一教伪装成一个社会基金组织，专家们对该邪教进行了长期的研究。2012年，宗教事务委员会在总检察院的帮助下将其告上了法庭，法院取缔了该组织。该组织提起上诉，但在上级法院败诉。而具有破坏性的伊斯兰宗教组织扎伊舒里·玛赫基也被法院取缔，并从去年起被禁止在吉尔吉斯斯坦共和国境内活动。