康熙幼年即位，他所继承的是一个饱经战火、经济凋零、国弱民贫、群雄逐鹿、四分五裂的基业，先是盘踞在云南、贵州、广东、广西、福建的吴三桂、尚可喜、耿精忠三藩，他们各拥重兵，军饷开支浩大，“天下财赋，半耗于三藩”；其次是西北噶尔丹以伊犁为巢穴，其军锋和影响远及于内外蒙古、南部新疆、西藏、青海以及中亚细亚，势力强盛，窥伺中原，成为清朝的严重威胁；在东北则有俄罗斯人入侵，在黑龙江设立军事据点，屠杀和掠夺当地人民；还有中原反清复明的明朝遗民亦在积蓄力量，俟机待发。

当然，还有东南沿海一寓的台湾，郑氏割据着，阻绝了台湾和大陆之间政治经济与文化的联系，不利于台湾的进一步发展。同时，郑氏对清朝所展开的军事活动，给东南沿海地区人民的和平生产和生活，也带来了严重的威胁。

由此可以看出，当年的大清王朝可谓是一堆干柴，只要星星之火，便会成燎原之势，清王朝危机四伏，统治极不稳固。

十几年后，康熙逐渐成年，他首先擒拿鳌拜，夺取权力，消除了朝廷内部的隐忧。接着集中精力削三藩，亲征噶尔丹，经过十数年的努力，终于扫除了这些大的隐患。

然而，对于台湾，很多清朝官员认为，此地孤悬海外，人口稀少，防守不易，不如放弃台湾。一开始，康熙也的确是这么认为，台湾地处大海中，波涛万顷，作战需赖水师，满族将士娴习马步，而不习水战，加之台湾土地初辟，人口甚少，生产落后，经济困难，急需大陆的粮食和物资供应，只要采取经济封锁便能解决之。

因此，起初采用的只是“迁界禁海”，即在福建、广东、浙江、江苏、山东、河北6 省沿海及各岛屿的居民内迁30——50里，在沿海一带形成一个无人区；严禁一切船只出海贸易、捕鱼。其目的是通过断绝海上贸易往来，阻塞大路货物的出海渠道，切断军用物资的供给，又无法向沿海居民征收粮饷，从而在经济上完全陷入困境，叫不战而屈人之兵。

没有想到的是，这迁界禁海使清王朝的经济最少倒退几十年，为此付出了沉重的代价。一直以来东南沿海地区有发达的农业、手工业和商业，濒海地区有良田万顷，土地肥沃，生产技术先进，是中原王朝的赋税主要来源，损失是相当大。

同时，强制民众内迁数十里转眼成废墟，又无妥善安置措施，沿海种田捕鱼经商百姓背井离乡，失去生计，不少人便铤而走险，渡海赴台，反壮大了郑氏集团的实力。

尤其令康熙不能容忍的是，和平年代这台湾表面按兵不动，一旦内地有风吹草动，便立即倾巢出动，张牙舞爪，表现最突出的是平息三藩之乱正酣，中原战火弥漫之际，台湾便立即挥兵渡海，乘机发兵攻福建、广东，与清军作战，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。

为此，康熙认为，针对当时世界领土最广阔的大清王朝来说，台湾充其量就是九牛一毛，小得可怜，然而，从当年大清朝的地图来形象地比喻，清朝的版图就像一头牛，而台湾就像在牛肚子上的一根钢针，一旦有一丝风吹草动的变故，这根钢针就插进肚子，你一打盹就扎得钻心疼，说不定就会因此而毙命。更让他寝食不安的是，台湾是江浙闽粤四省之屏蔽，倘若放弃台湾，必为红毛（指荷兰）复占，外国势力一旦插手，“乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞”！

此时，康熙下定决心要收复台湾，如果一直让其这样不去解决的话，那么早晚会威胁到自身的安全的，一定要忍受一时的痛苦，而根除无穷的后患！

康熙二十二年（1683）六月十四日，康熙帝力排众议，决定给担任水师提督的施琅在台湾问题上独断专行的权利，下令武力进攻台湾。

施琅率领战船300 余艘，水师2 万余人，仍自铜山出洋，第2 天上午，战船即陆续到达澎湖海外。十六日曾发生小规模海战，双方各有损伤。二十二日清军分三路出击，与郑军决战，施琅亲率主力担任中路主攻。清军利用“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击”，一鼓作气，经过七八个小时激战，大败郑军。刘国轩率所剩几只小舟逃回台湾。

澎湖为台湾门户，一旦失守，台湾即失去了屏障。施琅派员到台湾劝降，联络刘国轩。刘国轩见大势已去，于是派兵监视郑氏统治集团，郑克塽、冯锡范只得上表求降，八月清军胜利进驻台湾。由于郑氏集团政治腐败，所以清廷统一台湾得到台湾各族人民的支持和拥护，清军至台湾时“百姓壶浆相继于路，海兵皆预制清朝旗号以迎王师”。台湾人民是迫切希望国家统一的。收复台湾后，康熙皇帝在台湾设一府三县，台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶于福建省。并在台湾设总兵一员，驻兵八千，在澎湖设副将一员，驻兵三千。

康熙帝收取了台湾，使台湾重新回到祖国统一的多民族大家庭中，完成台湾和大陆之间的政治统一，大大促进了以后台湾的政治、经济与文化的发展。由此台湾成为我国东南海上的重镇，有利于加强和巩固我国东南沿海的国防，有利于抵御西方殖民主义势力的入侵。

同时，统一台湾，这不仅对国家统一具有重要意义，从长治久安的历史角度来看，为往后清朝一百多的安定的确是打下基础，而且没有留下历史后遗症，的确是最明智的做法。