天京事变中，韦昌辉接到洪秀全诛杨诏书，屠杀杨秀清及其全家。可是在除掉东王杨秀清之后，洪秀全又发布诛韦诏书，除掉了他。那么为什么会这样呢？主要有两点，第一，韦昌辉是三号人物，掌握着实权，除掉东王杨秀清之后，他就会威胁洪秀全。第二，韦昌辉在天京事变中，除了杀掉了杨秀清一家外，还扩大为对杨秀清部下及石达开全家的屠杀，被他杀害者不下万人，导致他彻底失去民心。
第一，韦昌辉是三号人物，掌握着实权，除掉东王杨秀清之后，他就会威胁洪秀全。
洪秀全与杨秀清的矛盾归根结底就是权力之争。从起义到定都天京，杨秀清成为了实权派人物，掌握着大权，而洪秀全整天吃吃喝喝玩玩，啥也不管。杨秀清几乎把这位精神领袖给架空了，还常借“天父”下凡来羞辱洪秀全，所以两人的矛盾是不可调和的。
韦昌辉在南王冯云山、西王萧朝贵相继战死后，他上升为太平天国第三号人物。他与杨秀清的矛盾也很深，韦昌辉对他更是恨之入骨。可是在除掉杨秀清之后，韦昌辉就成为了二号人物，那么这又是另一个杨秀清，所以将会继续与洪秀全展开竞争。
所以在这种情况下，除掉这些实权派人物，是洪秀全的当务之急，除了杨秀清，还有韦昌辉这样的人。
第二，韦昌辉这个人阴柔奸险，嘴甜心毒，两面三刀。身为三号人物，他自然也有猖狂的本钱，可是杨秀清这个人也不是好惹的，他太骄傲专横了。两人在长期的配合当中，矛盾逐渐爆发了。杨秀清跋扈专权，并多次轻慢韦昌辉，导致韦昌辉表面上对杨秀清恭顺，但内心对其恨之入骨。
所以在得到了洪秀全的诏书后，韦昌辉认为出气的机会来了，所以他除掉了杨秀清一家人，不过他似乎还不解恨，扩大为对杨秀清部下及石达开全家的屠杀，被他杀害者不下万人，大失人心。石达开对他很不满，让韦昌辉动了杀心，可以说韦昌辉已经杀红了眼。洪秀全乃下令将韦昌辉贬为“北奸”，号召全城军民将其捉拿归案。由于韦昌辉的滥杀做法不得人心，故在洪秀全发令后顿时势力瓦解，他自己也被除掉了。