顺治十八年正月初六，身体健康，年纪轻轻的顺治皇帝突然离开了人世，年仅24岁。但是顺治帝从来没有生病的记载，清史也对顺治帝的死因只字不提，民间更有说法曾在五台山上见过顺治帝，真相到底是什么？
首先顺治帝的遗诏十分可疑。在他去世的前一天，他召来了一众大臣到养心殿面谕遗诏。遗诏中，顺治帝罗列了自己的十四条罪状，比如无法尽孝、与亲友关系冷淡等等，十分自责。这种语气很不符合一个将要离世的人的心情。自责的内容多是太后对顺治帝不满的地方，因此有人怀疑是太后写的遗诏。
关于顺治帝出家的说法是怎么回事呢？清朝皇帝十分推崇佛教，顺治帝14岁认识了一个法师，两人在洞中相遇，交谈甚欢。顺治帝还给自己选择了“行痴”的法名，法号“痴道人”。他与高僧的谈话中多次说到自己有遁入空门的想法，从小卷入宫廷斗争，让顺治帝十分疲惫。
顺治帝的董鄂妃的去世，给了他心理上致命的一击。顺治帝每天为她守灵，大哭大闹，寻死觅活，还破例封董鄂妃为皇后，将承乾宫的太监宫女全部赐死为贵妃殉葬。之后的顺治帝无心朝政，两个月内拜访了38次高僧。《北游集》《续指月录》等书中记载：
1660年十月中旬，顺治帝身披袈裟，舍弃皇位，百官进谏，高僧阻拦，才回心转意，放弃了这一打算。虽然没有在正史中记载，但高僧的普遍记叙也有一定的真实性。《起居注》记载，康熙继位后，皇太后多次带他上五台山礼佛，实际上是去探望顺治帝。
另一种说法则是顺治帝死于天花。历史学者研究调查发现，在顺治时期的礼部侍郎翰林院掌院学士王熙撰写的《年谱》对顺治帝死亡的几天有详细的记载。“朕患痘势将不起，尔可详听朕言，速撰诏书。”年谱中记载了顺治帝的这样一句话。历史学家认为，之所以清史对顺治帝死因含糊其辞，是因为当时天花肆虐，人人恐慌，为了安定民心，才秘而不宣。
即使遗诏十分可疑，但在顺治帝神志模糊的情况下，由太后授意让大臣撰写，也是情有可原。《清圣祖实录》里也有记载：顺治帝的棺材在1661年二月初二才被移到景山寿皇殿。四月十七日，康熙举行了祭祀礼仪，将顺治帝神位奉入乾清宫。二十一日，举行了“奉安宝宫礼”宝宫就是骨灰盒。可见顺治帝确实死于天花。
但是两种说法都各有漏洞，各有合理之处，至今并没有准确的定论，仍需要更多资料佐证。