主要有以下几个方面的原因：
第一、西汉时期，汉武帝六次北伐匈奴最终把匈奴赶跑了，但是赶跑老虎来了狼，匈奴之后鲜卑又逐渐崛起，到东汉时期又成了汉朝的心腹大患。鲜卑屡屡犯边，战事频起。
第二，民众的广泛支持。汉末至三国时期，中国神州大地上瘟疫横行，一直很难得到控制，张角兄弟再次利用了这个契机，借助自己所学的一些医术来扩散自己的太平道。张角散符施水，为广大教众和百姓治病，可能张家兄弟还是真的具备一些医疗技术的（或者只是忽悠），医治了不少人，而得以报名的百姓自然对救命恩人感恩戴德。在百姓一传十，十传百之后，张角的形象从医生到教主，再到神仙，跟随的人自然也就呈几何倍增的趋势迅速增长。
第三，黄巾军用一个字颠覆了整个东汉帝国，那就是抢！史书记载，黄巾军所到一处就是抢，吃完了一个地方再伙同新的难民继续往下一个地方去抢。这就直接造成了两个结果：一，大家赶紧把自己家的粮食吃完了。二，大家跟着去下一家抢。反正就是没有人愿意去搞生产，还吃得贼多。这种思想波及全国，直接造成了东汉帝国经济崩溃！
第四，当时汉朝已经失去了民心。黄巾起义，是一场农民的起义，苍天已死，黄天当立，岁有甲子，天下太平，是当时的口号。真是得民心者得天下。当时民心已经不在，汉朝的分裂已经时早晚的事了。东汉末年，宦官干政，导致朝廷腐败，天下百姓苦不堪言，最终导致了以农民为主的黄巾起义，水亦载舟，亦能覆舟。