据消息灵通人士透露，林晓旭辞职是因为涉嫌贪污和行骗。了解林晓旭的人都知道，林能言善辩，说话极具煽动性，很容易使人轻信他。正因为如此，他多次利用希望之声副总裁身份骗取他人钱财，贪污捐款，许多事主纷纷向“法轮功”总部告状，并向有关司法部门投诉。据称，林晓旭涉案金额达数十万美元，按照美国法律，已构成犯罪。
林晓旭贪污和行骗之事败露后，美国“法轮功”组织为掩盖其丑行，采取了息事宁人的做法，一是在内部迫使林主动辞职，给“弟子们”一个交待；二是在外部想方设法赔偿有关受害人的金钱损失，安抚受害人不要去告状；三是安排林外出躲避风头。
“法轮功”总部这种不分青红皂白、包庇纵容犯罪的做法，甚至引起了部分“法轮功”人员的强烈不满，他们在网上呼吁，要求彻底清查林晓旭的问题，并依照美国法律追究林的相关责任。