一、思想信仰体系和理论体系的不同。宗教以其博大精深的经典、教义构成完备的宗教理论体系，并成为人类文化的重要组成部分；而邪教没有正当和完整的思想理论体系，只有一些支离破碎的迷信邪说，它盗用宗教概念和术语，危言耸听，愚弄世人，企图达到不可告人的罪恶目的。
二、信仰和崇拜对象的区别。宗教所信奉的神灵都是远离现实社会的，在现实生活中并没有客观的实体；神化教主、大搞教主崇拜是当代邪教的重要特征。邪教头目利用某些人难以把握个人命运的脆弱心理和愚昧落后的迷信观念，歪曲利用宗教的概念，自诩为救世主，宣扬自己所谓的各种特异功能，迷惑信众，对追随者实施专制统治。
三、对“末世论”的阐述不同，目的和作用不同。“末世论”作为宗教的“救世”或“救赎”信仰，不同的历史时期有不同的载体，因而具有不同的功能与作用。宗教用来引导信徒忘却现世苦恼而企盼未来幸福生活和向往彼岸的世界，缓和社会矛盾，因而具有对民众进行“教化”的功能和维护社会稳定的作用。但是，19世纪以来，“末世论”被中外邪教利用后，成为邪教反社会、反科学的主要邪说，用以恐吓世人，加强对信徒的精神控制，具有破坏正常社会秩序的负面功能和危害人民生命财产安全的消极作用。
四、邪教组织及其活动是诡秘、邪恶、危害社会的，与宗教组织及其社会功能有本质的不同。作为社会系统中的子系统，当代各种宗教都具有与社会形态良好的适应性。它们多以济世、护国、利民为宗旨，以遵纪守法为己任，其活动都能在法律范围内进行，在社会的各个方面发挥着特有的协调功能和平衡作用。邪教则不然，邪教的本质特性是反人类、反科学、反社会、反政府，因此邪教组织和活动必然是诡秘的、邪恶的、难见天日的，它们往往还有严密的组织结构，采取秘密结社的方式进行非法活动。
（本文由燕清根据陈长老的口述整理）