“焚书坑儒”的原因大概有两点，首先来讲一讲“焚书”发生的原因。秦朝从商鞅变法的时候起就奉行以法治国的统治思想，秦始皇统一六国后，根据丞相李斯的建议实行了郡县制。李斯虽然出身儒家，后来却成为了法学思想的主要践行者，他的政治风格就是法家的思想体现。李斯认为，周王朝和夏王朝实行的分封制不利于实现中央集权，容易滋生强大的诸侯国来对抗君主，所以应该摒弃这种落后的政治制度。可是法学思想要想真正的实施起来却是不容易的。

秦始皇统一了六国，春秋战国时期就出现了百家争鸣的盛况，中国的思想文化领域以超前的速度发展着。到了秦国，国君奉行法学，其他学术必然会对法学有所意见。在知识分子兴办的私学中，他们就会对国家的政策进行分析和评论，以此来反对政府的政策。这本来就令秦始皇感到麻烦了。后来，秦朝有一个大臣博士淳于越在公元前213年的时候上奏秦始皇，他建议秦始皇分封诸子，就是说让秦始皇给那些皇子们分封土地，实行分封制。

丞相李斯就有意见了，他建议始皇行郡县制，你淳于越却说要搞分封，难道你这是在借“私学”来做一些“不师今而学古”以及“道古以害今”的事吗？他对秦始皇说，若不禁止这种情况，一定会出现“主势降乎下，党与成乎下”的情况。所以，李斯建议焚烧除了秦国以外的史书列传，私人所藏的诗、书、百家语。私下讨论诗、书的就处死，随意议论政治的就灭族。正所谓哪里有压迫哪里就有反抗，秦始皇此举遭到了众多有术之士的抨击，于是各种反对的声音越来越多。

而“坑儒”的原因则是因为有两个术士惹怒了秦始皇。秦始皇派遣徐良福去寻找长生不老之药，术士卢生和侯生就因为骗秦始皇要去寻找长生药，他们多次觐见始皇，不但得到了始皇的信任还获得了许多的封赏。但是假话就是假话，所以他们就悄悄逃走了。秦始皇知道了这件事情之后很是生气，就把火气都撒在儒生身上，他颁下诏旨，命令御史拿问众儒生。御史等人知道秦始皇对这些儒生恨之入骨，就想尽办法严加拷打，屈打成招，几乎都定为了死罪。秦始皇将四百六十多个儒生，全部赶到深山谷底，派人从上面抛掷土石，就这样，四百多人的读书人全部葬身在无名深山中，这就是第一次坑儒。

你以为只死了这么四百来个儒生就能够让秦始皇消气吗？那可是秦始皇，惹怒了他自然就要承受相应的后果。不过这群儒生就惨了，秦始皇分明是想杀鸡儆猴，他们就是牺牲品。

秦始皇想将天下的儒生杀光杀尽，但是他怕没有罪名就抓来这些儒生会遭到民众的反抗，于是就想了一个办法。他命令各地的官员向中央推荐优秀的儒生，然后把这些儒生接到咸阳来。最后被送到咸阳的儒生有七百人之多。当年冬天，有一则消息称马谷地方严冬生瓜，是难得一见的奇观。秦始皇问这七百个儒生，他们都回答不上来是什么原因，于是秦始皇就派他们去马谷看看。一个惊天的灾难就要降临在他们头上了！

马谷早有秦始皇的人马，他们在七百儒生到了马谷的时候，上面有无数的土石落下，一下子就把这七百人给活埋了！这就是著名的“马谷坑儒”！

秦始皇焚了除了秦国的书以外的其他书，只留下了种树，卜筮及医书这几种书幸免于难。